Для тех, кто подзабыл, с чего всё началось. Дальше будет сжатый пересказ предыдущих событий.
В межпланетную экологическую службу поступил сигнал бедствия. В сообщении говорилось о вспышке на планете «Комбикорм» опасной болезни «мучумы».
Для оценки обстановки на планету была телепортирована разведывательная команда состоящая, из сержанта Кита Морзе, доктора Сони Перум и разумного робота зонда в чине капитана, который осуществлял руководство.
Во время телепортации произошёл сбой, и вместо расчётной точки команда оказалась в небольшой комнатушке внутри заполненного заражённными животными цеха.
Героям удалось вырваться с завода, однако атака агрессивных быков вынудила их разделиться. На этом кончается сюжет игры — головоломки «Комбикорм» и начинается тактическая стратегия «комбикорм — 2».
Отчаявшийся найти соратников зонд оставляет на каменной плите подробную запись о произошедшем. Вскоре после этого его аккумуляторы истощаются, и он переходит в гибернацию.
К счастью, проходивший мимо сержант Морзе обнаруживает командира и находит способ зарядить его.
Зонд сообщает, что засёк радиосигнал, а значит неподалёку есть работающий радиопередатчик. К несчастью, он оказывается устаревшим и непригоден для межпланетной связи. Капитан предлагает вернуться на завод, так как там осталась работающая станция связи, с помощью которой можно будет связаться с командованием, однако Кит выступает против, так как считает, что это слишком опасно.
Внезапно зонд засекает некий разряд, что, по его словам, означает открытие портала. Предположив, что начальство прислало — таки подмогу, зонд отправляется на разведку, назначив Киту встречу в районе верфей, так как там меньше мутантов.
Предположение оказывается верным, командование прислало подкрепление, лейтенанта Винта ностра, отличного снайпера, умеющего, к тому же, управлять практически всеми видами транспорта. Зонд нашёл его как раз в тот момент, когда лейтенант заводил брошенный броневик.
Поначалу Винт попытался принять командование на себя и допросить зонда. Однако, выяснив, что тот старше по званию, подчинился, хотя необходимость выполнять приказы робота его не обрадовала.
Сообщив Винту координаты места встречи с Китом, зонд полетел к заброшенному городу, в котором, судя по запеленгованному сигналу радиомаячка, находилась Соня Перум.
Найдя Соню в городе, зонд узнал, что ей удалось создать специальные капсулы, которые делают быков послушными и внушают преданность хозяину. К сожалению, запасы реагентов у Сони ограничены, да и улучшения носят временный характер.
Услышав о намерении коллег прорываться к верфи, Соня пришла в ужас, так как, по её данным, в тот район движется множество мутировавших животных. Зонд отправляется предупредить людей.
Тем временем Кит и Винт встречаются в горах и решают двигаться дальше вместе.
Перейдя большое ущелье по мосту, они обнаруживают автомобильную дорогу. Кит удивляется, зачем строить в горах, где нет поселений и промышленных объектов мост и хорошую дорогу? Разговор прерывает нападение быков. Люди вынуждены отступить обратно в долину.
Здесь их находит зонд, передав предупреждение Сони, он сообщает, что заметил по пути огромное стадо мутантов, которое скоро будет здесь.
Команда принимает решение снова прорваться к дороге. Благодаря зонду, обеспечившему разведку с воздуха, им это удаётся.
Дорога приводит экоразведчиков к ограждению, за которым находится завод. Кит находит ящики со взрывчаткой, по-видимому оставшиеся со времён строительства дороги, и предлагает использовать её для того, чтобы взорвать мост, отрезав путь преследующим их мутантам.
План удаётся. исследовав территорию, зонд понимает, что на заводе занимались изготоввлением топлива. Винт предположил, что они наткнулись на базу контрабандистов.
В одном из ангаров команда находит исправный грузовик и продолжает путь в порт.
Прибыв на место, команда обнаруживает в порту следы катастрофы и множество мутантов.
С боем прорвавшись к большому сухогрузу, экоразведчики отчаливают, решив обогнуть район скопления мутантов по воде.
На следующее утро зонд предупреждает людей о надвигающемся шторме. Кит и Винт на всякий случай готовят спасательные средства.
Внезапный тектонический толчок порождает электромагнитный импульс, который выводит автонавигатор сухогруза из строя. Зонд приказывает покинуть судно.
в это время Кит обнаруживает запертых в трюме заражённых быков. Мутанты нападают, но команде удаётся отбиться и прорваться к шлюпке.
Корабль садится на мель. От сотрясения Кит вместе со шлюпкой падает в воду и теряет сознание, а Винт спрыгивает на небольшой каменистыый островок.
Сержанта выносит на берег. Зонд сообщает, что части быков удалось выжить, и теперь они по неизвестной причине атакуют ядерный реактор сухогруза, который так же вынесло на берег.
Киту при снайперской поддержке Винта удаётся отогнать быков от реактора, а затем и уничтожить,
после чего он плывёт на остров за лейтенантом.
Поблагодарив Кита, винт замечает, что был бы рад работать с сержантом и после завершения операции, и надеется, что ему удастся выйграть предстоящий по возвращении суд.
Кит отвечает, что при отправке на планету его амнистировали, однако Винт поясняет, что уже после отбытия сержанта это решение было отменено. Более того, одним из приказов, которые получил лейтенант, является препроводить сержанта на суд.
Кит заверяет, что обвинения против него были несправедливыми. Лейтенант соглашается и даже обещает выступить в суде в защиту сержанта, но тем не менее отказывается нарушить приказ и позволить Киту сбежать по возвращении.
Поняв, что переубедить лейтенанта не удастся, Кит наносит ему удар, от которого тот теряет сознание. Сержант ломает свой радиопередатчик и скрывается.
Когда Винт приходит в себя, с ним связывается Соня, она сообщает, что находится в экспериментальном тепличном хозяйстве, и ей нужна помощь, так как в округе множество мутантов и самой ей не выбраться.
Добравшись до места, Винт и зонд помогают Соне выбраться из теплиц.
Соня рассказывает, что, исследуя быков отметила у них нехарактерную для «мучумы» агрессию к техногенным объектам, а также обнаружила имплантированные под шкуру чипы.
В самих чипах не было ничего необычного, такие используются для отслеживания местоположения, однако Соня считала, что с их помощью быками пытались управлять. На всех чипах был нанесён один и тот же номер. Зонд заметил, что он совпадает с номером одной из находящихся на этой планете исследовательских лабораторий.
Экоразведчики принимают решение отправиться в лабораторию…